A primeira temporada começa onde “Os Vingadores da Marvel” parou. É logo após a batalha de Nova York, e agora que a existência de super-heróis e alienígenas se tornou de conhecimento público, o mundo está tentando lidar com essa nova realidade. O agente Phil Coulson está de volta à ação e agora está de olho em um misterioso grupo chamado The Rising Tide. Para rastrear esse inimigo invisível e desconhecido, ele reuniu um pequeno e altamente seleto grupo de agentes da organização mundial de aplicação da lei conhecida como S.H.I.E.L.D.

Na segunda temporada, Coulson e sua equipe procuram restaurar a confiança do governo e do público após o colapso da S.H.I.E.L.D.