Dois agentes de origens muito diferentes unem forças para resolver casos que o FBI rotulou como Arquivo X, envolvendo fenômenos paranormais ou inexplicáveis. Ambos estão determinados a descobrir verdades ocultas — um em busca de respostas sobrenaturais, o outro em busca de explicações científicas mais terrenas. Juntos, eles farão descobertas que nenhum dos dois jamais poderia imaginar.

Os Arquivos X foram encerrados e Mulder e Scully estão separados. Scully se encontra dando aulas na Academia do FBI em Quantico, Virgínia, enquanto Mulder é designado para o dever de vigilância. Com o agente Alex Krycek como seu novo parceiro, e o misterioso X como sua nova fonte de informação, Mulder luta para manter viva sua busca pela verdade. Mas, ironicamente, é Scully quem vivencia o encontro próximo que Mulder tanto ansiava, fazendo uma jornada que, no final das contas, reunirá os dois agentes e criará um vínculo que os tornará mais próximos do que nunca.