A temporada narra as primeiras aventuras do jovem Clark Kent a partir do momento em que seu planeta natal, Krypton, é destruido e ele cai em uma nave na cidade de Smallville (Pequenópolis, no Brasil), onde é adotado por Martha e Jonathan Kent.

A segunda temporada começa diretamente onde a primeira terminou, com Clark lidando com as conseqüências dos furacões que atingiu Smallville. Nesta temporada, Clark finalmente descobre quem ele é e de onde ele vem, mas deve também reconhecer um destino em potencial posto em movimento por seu pai biológico, que pode mudar a sua vida e a vida daqueles ao seu redor para sempre. A relação de Clark e Lana Lang se torna cada vez mais próxima, forçando a sua amizade com Chloe Sullivan