A primeira temporada é a fase introdutória da série animada, onde os primeiros X-Men formadores do Instituto Xavier, Tempestade e Jean Grey, recrutam novos integrantes: Noturno, Lince Negra, Spyke e Vampira. Noturno descobre a verdade sobre sua mãe, Wolverine encontra respostas sobre seu passado, Vampira passa da Irmandade de Mutantes para os X-Men, as lutas constantes entre Wolverine e Dentes-de-Sabre se tornam freqüentes e o irmão de Xavier, Fanático, é solto da prisão.